Bereits im Mittelalter befand sich in der Nordwestecke des weitläufigen Geländes eine Wasserburg, die durch den Fluss Pinka und Burggräben geschützt war. 1523 wird urkundlich ein Schloss in „Ruttenthuren“ erwähnt. Im Zuge der Besitzstreitigkeiten um die Herrschaft nahm Peter Erdődy 1532 Rotenturm mit Gewalt ein. 1540 wurde die Burg von den gegnerischen Stubenbergern zerstört.
Gegen Ende des 17. Jahrhunderts erfolgte die Errichtung des „Alten Schlosses“, das Anfang des 19. Jahrhunderts abgetragen wurde.. Um 1830 wurde in der Südwestecke des Schlossparks das „Kastell“ errichtet, das nach Errichtung des neuen Schlosses „Alter Schlosstrakt“ bzw. „Gesindehaus“ genannt wurde. Dieses 1835 aufgestockte Gebäude in zentraler Einfahrt wurde 1972 wegen Baufälligkeit abgetragen.
Um 1840 wurde der barocke Schlosspark zu einem Englischen Landschaftsgarten umgestaltet. Der k. und k. Oberstallmeister Stephan Graf Erdődy (1813–1896) versuchte um 1860 den führenden ungarischen Architekten des Historismus, Miklós Ybl, für die Errichtung eines Erweiterungsbaus für repräsentative Zwecke zu gewinnen. Ybl lehnte ab, empfahl jedoch den Budapester Baumeister Antal Weber (1823-1889), Schüler von Pietro Nobile an der Wiener Akademie. Nach dessen Plänen wurde 1862 bis 1864 das gegenwärtige Schloss in romanisierend-orientalischen Formen, mit hellen Dekorationselementen auf rotgeputztem Grund, unter der Leitung des Baumeisters Johann Lang (1822–1900) errichtet.
Im Folgenden erlebte Rotenturm seine erste Glanzzeit: Das Schloss beherbergte bis 1929 die wertvollen Sammlungen des kunstsinnigen gräflichen Paares Julius und Emilie Erdődy, geborene Gräfin Széchenyi. Unter dem Nachfolger Ludwig Graf Erdődy kam es zum Niedergang des Herrensitzes. 1924 vernichtete ein Brand den Großteil der Inneneinrichtung, darunter das Erdődysche Familienarchiv und das im Turm aufbewahrte Geheimarchiv des ungarischen Freiheitshelden Fürst Franz II. Rákóczi (1676–1735) Anführer des Kuruzenkrieges (1704–1711). Nach dem Tod Ludwigs, des letzten Nachkommen der Rotenturmer Erdődy-Linie, wurde das hoch verschuldete Anwesen von dem nahe verwandten Grafen Nikolaus Széchenyi übernommen. 1929 wurden die in Rotenturm befindlichen Sammlungen versteigert; für kurze Zeit wurde das Schloss vom tschechischen Geigenvirtuosen Jan Kubelík übernommen. 1971 kam das Gebäude in Besitz des Landes Burgenland.
Seit 2008 ist es wieder in Privatbesitz.
